本總隊隸屬於臺北自來水事業處，為本府事業機構，置總隊長、副總隊長、主任秘書及總工程司、副總工程司，下設4科3室，組織架構圖如下：
| 隊本部包含總隊長、副總隊長、主任秘書、總工程司、副總工程司。 | |||
| 本總隊各單位職掌如下： | 連絡電話 | ||
| 一、 | 設計科 | 自來水工程中長程計畫之擬訂、水源、淨水設備、輸配水系統及機電設備之規劃與設計，工程用地取得及各項工程相關業務之協調與配合等事項 。 | 83695196 |
| 二、 | 工務科 | 工程招標、訂約、施工以及試驗、檢驗、驗收等事項 。 | 83695208 |
| 三、 | 工管科 | 工程考工、職安衛生、資訊以及相關事項 。 | 83695209 |
| 四、 | 總務科 | 文書、出納、印信典守、事務管理、及不屬其他各科事項。 | 83695179 |
| 五、 | 會計室 | 依法辦理歲計、會計並兼辦統計事項。 | 83695190 |
| 六、 | 人事室 | 依法辦理人事管理事項。 | 83695184 |
| 七、 | 政風室 | 依法辦理政風事項。 | 83695189 |
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